Gedurende de jaren '60, '70 en '80 woei er een golf van brutale terroristische aanslagen door West-Europa waardoor honderden onschuldige burgers werden gedood in steden over het hele continent. Ten tijde van de aanvallen werd gedacht dat het om het werk van radicale extremisten ging, maar nu, dertig jaar later, begint zich een ander veel meer verontrustend verhaal te vormen.

In 1990 onthulde Italiaanse premier Giulio Andreotti het bestaan ​​van een geheim NAVO-leger met de codenaam Gladio, wiens missie het was om Italië te verdedigen in het geval van een Sovjet-bezetting. Hij bekende dat het deel uitmaakte van een veel breder netwerk van ondergrondse "stay-behind" legers, opgezet door de NAVO in heel Europa tijdens de Koude Oorlog. Het bleek dat Groot-Brittannië en de VS in het geheim burgers en militairen in twintig Europese landen had geworven en opgeleid , voor het opzetten van gewapende militaire netwerken, die geen verantwoording verschuldigd waren aan een nationaal parlement.

Gedurende vele jaren werd aangenomen dat de rol van de NAVO-geheime legers puur defensief was, maar uit de getuigenissen van rechtse extremisten, betrokken bij enkele van de meest gruwelijke bombardement van Europa, en de officier van justitie die werd ingehuurd om het te onderzoeken, begon een ander en veel meer verontrustend beeld te ontstaan. Zij beweren dat het Gladio-netwerk een aantal extremistische groepen manipuleerde en controleerde in een poging een ​​golf van terreur te ontketenen over het hele continent. De aanvallen maakte deel uit van een project dat bekend werd als de "strategie van de spanning". Het doel was om een ​​politieke verschuiving naar links te voorkomen en een terugkeer naar de centristische overheden in de Europese landen, cruciaal om de Amerikaanse defensie te waarborgen.

"NATO's secret armies" onderzoekt drie grote terroristische aanslagen: Het Brabants bloedbad in België (Bende van Nijvel), het Oktoberfest bombardementen in Duitsland en de Piazza Fontana moorden in Italië. Door getuigenissen van voormalig terroristen, Gladio, ex CIA-agenten, diplomaten, officieren van justitie en politie-inspecteurs, laat de film het verontrustende spoor zien van invloeden achter elk van de aanslagen en stelt de vraag of de honderden burgers kunnen zijn gestorven door door de staat gesponsord terrorisme. Een nog meer huiveringwekkende vraag is of de strategie van de spanning misschien vandaag de dag nog in gebruik is.